طاعون أثينا هو الوباء الذي دمر دولة مدينة أثينا قديما في اليونان خلال السنة الثانية من الحرب البيلوبونيسية عندما انتصار الأثينيين. قتل الطاعون ما يقدر بنحو 75,000 إلى 100,000 شخص، أي حوالي ربع السكان، ويُعتقد أنه دخل أثينا عبر بيرايوس، ميناء المدينة والمصدر الوحيد للغذاء والإمدادات. كما شهِد جزء كبير من شرق البحر الأبيض المتوسط تفشي المرض، وإن كان تأثيره أقل.